Karol Hrádela, který se jako právník dlouhodobě věnuje tématu církevních restitucí v Britských listech analyzoval některé dopady schváleného zákona a podrobně se podíval na protizákonný postup při jeho schvalování.
Ustanovení § 2 vydává zestátněný majetek humanitárních organizací založených pro podporu církví a náboženských společností, zatímco majetek jiných humanitárních organizací sloužící stejným humanitárním cílům se nevydával. Cožpak církevní organizace jsou lepší než jiné organizace vykonávající stejnou činnost? Cožpak neplatí Listina? Proč mají být náboženské organizace preferované před organizacemi světskými a to nejen nyní, ale vytvořením ekonomických předpokladů tímto zákonem i v budoucnosti?
Dalším problémem je způsob schválení zákona Poslaneckou sněmovnou:
Po vrácení zákona senátem se o návrhu zákona nehlasovalo na nejbližší schůzi sněmovny, jak stanoví jednací řád v § 97 odst. 3): „Jestliže Senát návrh zákona usnesením zamítne, předseda jej na nejbližší schůzi, nejdříve však za 10 dnů od doručení usnesení poslancům předloží Sněmovně, aby o něm hlasovala znovu. Návrh zákona je přijat, schválí-li jej Sněmovna nadpoloviční většinou všech poslanců.“
Ve skutečnosti se návrh schvaloval až na třetí schůzi Poslanecké sněmovny od jeho zamítnutí Senátem. Čekalo se na vhodné složení Poslanecké sněmovny.
Více v článku: Zákon o majetkovém vyrovnání – cesta k novému charakteru českého státu